公共卫生和重大疾病防控成效显著。通过大力开展爱国卫生运动、实施国家免疫规划和重大疾病防治策略，严重危害群众的重大传染病和地方病得到有效控制。各种免疫规划疫苗报告接种率均达90%以上。甲乙类传染病发病率从建国初期的/10万下降到.24/10万，先后消灭天花，消除丝虫病，实现血吸虫病传播阻断，实现无脊髓灰质炎目标，连续17年无人间鼠疫及本地霍乱报告，狂犬病病例数持续大幅下降。有效控制手足口病、结核病、艾滋病、伤寒、细菌性痢疾、乙型脑炎和病毒性肝炎等传染性疾病，及时应对传染性非典型肺炎(SARS)、流感、人感染高致病性禽流感等突发急性传染病疫情和登革热、疟疾等输入性传染病疫情。探索建立慢性病综合防控机制，不断加大高血压、高血脂、高血糖、肿瘤等慢性病防治力度，创新“结核病控制DOTS策略新模式”，结核病病例数呈逐年下降趋势。艾滋病防控取得重大成效，地方病严重流行趋势得到有效遏制，精神卫生、职业健康工作进一步加强，健康教育与健康促进工作不断深化，食品安全风险监测能力有效提升，爱国卫生创建工作深入推进，卫生应急能力显著增强。